Erbaut: ca. 1541

Ein wenig versteckt in der Cowgate, westlich der George IV Bridge, steht die 1541 errichtete Magdalen Chapel. Die hier begrabene Janet Rynd war die Witwe von Michael MacQueen (oder MacQuhane), der 1537 verstarb und ihr ein beträchtliches Vermögen hinterließ.

Das Paar hatte den Wunsch eine Kirche zu bauen, die auch als Treffpunkt für die Gilde der Schmiede dienen sollte, einem einflussreichen Verband, der damals auch andere Handwerke mit einschloss. Bis zu diesem Zeitpunkt diente den Mitgliedern der Innung ein kleiner Kapellen-Bereich in der St Giles' Cathedral als Gebetsstätte. Das neue Gebäude verfügte auch über ein Kranken- und Armenhaus, in dem Arme und Kranke Zuwendungen erhielten.

Historisch gesehen ist die Magdalen Chapel aus mehreren Gründen bemerkenswert. Sie war das letzte römisch-katholische Gotteshaus, das man vor der Reformation erbaute, und 1560 machte John Knox sie zur Wiege der neuen presbyterianischen Kirche Schottlands.

Die Magdalen Chapel besitzt heute die einzigen Buntglasfenster, die aus der Zeit vor der Reformation stammen und sich noch an ihrem ursprünglichen Platz befinden. Auf den vier runden Fenstern sind das schottische Wappen, Mary of Guise, Michael MacQueen und das Paar MacQueen und Rynd dargestellt.

Der Kirchturm stammt aus dem Jahre 1628, da bis dahin ständig das benötigte Geld für die Fertigstellung fehlte. Kurz darauf, etwa 1632, installierte man die in Flandern gefertigte Glocke und es ist schade, dass die viktorianische Außenfassade das tatsächliche Alter der Kirche nicht widerspiegelt. Im Innern sind zwei Wände fast völlig mit Tafeln bedeckt, die von den vielen Spendern zeugen, die das Gotteshaus finanziell unterstützten.

1957 wurde ein Komitee gebildet, um die Kapelle zu restaurieren. Das Komitee bestand aus der Cockburn Association, der University of Edinburgh (Eigentümer des Nachbargebäudes), der Incorporation of Hammermen (Gilde der Schmiede, Eigner der Kapelle bis 1857) sowie dem Protestant Institute of Scotland (die aktuellen Besitzer). Ziel war es, die Finanzierung einer umfassenden Restaurierung zu ermöglichen; die 1992-93 durchgeführten Arbeiten kosteten gigantische 305.000 Pfund!