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Erstmals schriftlich erwähnt wurde Kirkwall im Jahr 1046 n. Chr. in der Orkneyinga Saga. Der Name Kirkwall bedeutet so viel wie „Kirche in der Bucht" – und in der Bucht stand wirklich mal eine Kirche, die St Olaf's Church, von der heute aber nichts mehr zu sehen ist.

1046 war Kirkwall ein Zentrum für Handel und Viehzucht. Allerdings waren es nicht die Schotten, die hier lebten, sondern die Wikinger – und so verwundert es nicht, dass Kirkwall mehr wie eine nordische, als wie eine schottische Siedlung aussieht. Im Jahre 1137 ließ der damalige nordische Earl Rognvald den Bau der St Magnus Cathedral beginnen und kurz danach fing man auch an, den Bishop's Palace zu errichten. Beide Gebäude können noch heute besichtigt werden, allerdings wurde der Bishop's Palace um 1607 von Earl Patrik Stewart teilweise durch den benachbarten Earl's Palace ersetzt.

1468 ging Orkney an die Schotten unter Jacob III über und 1540 wurde Kirkwall zur Hauptstadt ernannt. 1614 erlebte Kirkwall eine Revolution. Der Sohn des bereits erwähnten Earl Patrik Stewart, Robert, wollte seinen im Dumbarton Castle eingekerkerten Vater mit Gewalt befreien. Dieser saß hier wegen Tyrannei in Haft. Um ihn zu befreien belagerte Robert den Earl's Palace und das nahe gelegene Kirkwall Castle, das die Belagerung nicht überstand – aber auch Robert und sein Vater überlebten dies nicht, denn sie wurden als Anführer der Revolution zum Tode verurteilt.

Im Jahr 1798 rief Magnus Eunson seinen Betrieb ins Leben – er errichtete in den Hügeln eine Schwarzbrennerei und den erzeugten Whisky schmuggelte er zu den Konsumenten. Heute gibt es diese Brennerei noch immer, allerdings wurde sie inzwischen legalisiert und trägt den Namen Highland Park Distillery. Der Whisky dieser Brennerei hat es inzwischen zu Weltruhm gebracht. Aber Highland Park ist nicht die einzige Destillerie auf den Orkneys. Gleich um die Ecke befindet sich an der Scapa Bay die Scapa Distillery.

Heute ist Kirkwall eine Hauptstadt, mit all dem, was ein Westeuropäer von einer solchen erwartet.